Το μουσείο διαθέτει δύο σύγχρονα εργαστήρια συντήρησης αρχαιοτήτων, όπου πραγματοποιούνται από εξειδικευμένο προσωπικό εργασίες συντήρησης αρχαίων αντικειμένων από κεραμικό, μέταλλο, λίθο και άλλα υλικά, που είτε αποτελούν εκθέματα του μουσείου Αλεξανδρούπολης, είτε προέρχονται από σωστικές και συστηματικές ανασκαφικές έρευνες ή παραδόσεις.

Στο πλαίσιο πανελλαδικών δράσεων, όπως ο εορτασμός της Ευρωπαϊκής Ημέρας Συντήρησης, η Εφορεία Αρχαιοτήτων Έβρου δίνει τη δυνατότητα στο κοινό και κυρίως στους μαθητές, να εισχωρήσουν στον αθέατο κόσμο της συντήρησης αρχαιοτήτων, να γνωρίσουν διαφορετικές κατηγορίες αρχαίων αντικειμένων και να ενημερωθούν για τις μεθόδους, τα υλικά και τον εργαστηριακό εξοπλισμό που απαιτούνται. Στόχος των δράσεων είναι η ανάδειξη της επιστήμης της συντήρησης και της σημαντικής συνεισφοράς της στη διαφύλαξη της πολιτιστικής μας κληρονομιάς.