Στο σταυροδρόμι των χερσαίων δρόμων που συνδέουν την Ανατολή με τη Δύση και τη θάλασσα με την ενδοχώρα της Θράκης, σε μια παραλιακή ζώνη που εκτείνεται από το όρος Ίσμαρος μέχρι και τις εκβολές του ποταμού Έβρου, δημιουργήθηκε στο α’ μισό του 6ου αι. π.Χ. η Περαία της Σαμοθράκης. Σύμφωνα με τις αρχαίες πηγές ιδρύθηκαν έξι πόλεις από τους Έλληνες αποίκους: Η Μεσημβρία, η Δρυς, η Ζώνη, η Σάλη, η Τέμπυρα και το Χαράκωμα. Από αυτές, η Ζώνη είναι η μοναδική που έχει εντοπιστεί και ταυτιστεί με βεβαιότητα. Ένα μεγάλο τμήμα της μόνιμης έκθεσης του μουσείου είναι αφιερωμένο στα ευρήματα της αρχαίας Ζώνης και της ευρύτερης περιοχής της.